१. जलस्रोत महाशाखा

• सिंचाइ शाखा
• जलउत्पन्न प्रकोप व्यवस्थापन शाखा
• बहुउद्देश्यीय आयोजना शाखा

२. ऊर्जा महाशाखा

• विद्युत तथा ऊर्जा नीति शाखा
• आयोजना प्रबर्द्धन तथा अनुमतिपत्र शाखा
• विद्युतीकरण, विद्युत व्यापार तथा प्रणाली विस्तार शाखा
• वैकल्पिक ऊर्जा प्रबर्द्धन तथा ऊर्जा कुशलता शाखा

३. विकास सहायता तथा प्रादेशिक समन्वय महाशाखा

• विकास सहायता तथा प्रादेशिक समन्वय शाखा (जलस्रोत)
• विकास सहायता तथा प्रादेशिक समन्वय शाखा (ऊर्जा)

४. कार्यक्रम, बजेट तथा अनुगमन महाशाखा

• कार्यक्रम तथा बजेट शाखा (ऊर्जा)
• कार्यक्रम तथा बजेट शाखा (जलस्रोत)
• अनुगमन तथा मूल्याङ्कन शाखा

५. जल, मौसम तथा वातावरण महाशाखा

• जल विज्ञान शाखा
• मौसम विज्ञान शाखा
• हिम, हिम नदी तथा जलवायु परिवर्तन शाखा
• वातावरण शाखा

६. प्रशासन महाशाखा

• कर्मचारी प्रशासन शाखा
• आर्थिक प्रशासन शाखा
• आन्तरिक प्रशासन तथा अभिलेख व्यवस्थापन शाखा
• सूचना तथा जनसम्पर्क शाखा

७. कानून तथा फैसला कार्यान्वयन महाशाखा

• फैसला कार्यान्वयन शाखा